Factores inherentes al sistema de franquicia que lo hacen inadecuado para determinadas personas u organizaciones como sistema de negocio y/o expansión. El sometimiento a las instrucciones operativas y de gestión del franquiciador suele plantearse por parte de algunos empresarios como una falta de autonomía en su capacidad de decisión y uno de los principales factores negativos que le ven a la franquicia como fórmula asociativa.